甘南州地处青藏高原东北边缘和黄河、长江两大水系的分水岭地区，是我国黄河、长江上游重要的水源涵养补给区和生物多样性保护区，是国家构建青藏高原生态安全屏障的重要区域。甘肃省唯一整体纳入《全国主体功能区规划》重点生态功能区的市州，先后被国家确定为国家生态文明建设示范工程试点区、全国生态文明先行示范区和国家主体功能区建设试点示范地区。甘南特殊的地理位置和生态地位，在黄河、长江流域水源补给、气候调节、水土保持、维系生物多样性方面发挥着不可替代的作用。

甘南是甘肃省最大的天然林区和高寒草甸分布区，全州林地面积2310万亩，其中省属1339.1万亩、州属970.9万亩，森林覆盖率24.54%，森林蓄积量约1.02亿立方米，湿地面积733万亩；天然草原总面积4084万亩，草地类型主要有高山草甸、亚高山高寒草甸、灌丛草甸等7类17组29个型，其中亚高山高寒草甸是其主体和精华。甘南林地和草原总面积占全州国土面积的94.56%。甘南野生动植物资源非常丰富，有野生动物314种，属国家重点保护的有大熊猫、梅花鹿、藏羚、雪豹、黑鹳、金雕、天鹅等143种；有野生林木植物1820种，其中重点保护的有大果青杄、岷江柏木、秦岭冷杉、连香树等20余种；有天然草原植物种质资源丰富，据统计共94科、369属、947种，其中可食饲用植物890种，适口性优良的258种，可供驯化栽培的34种。